2,5-Dichloro-8-methoxyquinoline ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมาลาเรีย เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับอนุพันธ์ของควินีน มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการรักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากิจกรรมทางชีวภาพและกลไกการออกฤทธิ์ โดยเฉพาะในการต่อสู้กับการติดเชื้อจากปรสิต ตัวแทน methoxy และ chloro ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการปรับโครงสร้างทางเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา