3-Bromo-6-iodoquinoline ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้าง quinoline ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่พบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านเชื้อจุลินทรีย์ และยาต้านการอักเสบ เนื่องจากทั้งหมู่ bromo และ iodo สามารถทำปฏิกิริยาเคมีได้หลากหลาย จึงทำให้สารนี้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารประกอบอื่นๆ ผ่านปฏิกิริยา cross-coupling reactions เช่น Suzuki reaction หรือ Buchwald-Hartwig amination นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำมาใช้ในการศึกษาทางเคมีอินทรีย์และการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากโครงสร้างของ quinoline มีศักยภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ