4-Chloro-7-(trifluoromethoxy)quinazoline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มันมักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้าง quinazoline ที่มีกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะ เช่น กลุ่ม chloro และ trifluoromethoxy ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยารักษาโรคทางระบบประสาทอีกด้วย