5-Chloroquinazoline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความสำคัญในการออกแบบและพัฒนายาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ การวิจัยทางวิทยาศาสตร์ยังพบว่า 5-Chloroquinazoline มีบทบาทในการศึกษาและพัฒนายาใหม่ๆ ที่มุ่งเป้าไปที่การยับยั้งเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะ ซึ่งอาจนำไปสู่การรักษาโรคที่ซับซ้อนมากขึ้นในอนาคต