2,6-Dichloroquinazolin-4(3H)-one ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างเคมีที่มีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่าย นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านไวรัสอีกด้วย ในด้านการวิจัย 2,6-Dichloroquinazolin-4(3H)-one ยังถูกใช้เป็นโมเลกุลตัวอย่างในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและการออกแบบยาใหม่ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา