4-Chloro-5-(trifluoromethyl)quinazoline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการออกแบบและสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจง ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง ต้านเชื้อจุลินทรีย์ และยับยั้งเอนไซม์ต่างๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการใช้สารนี้ในด้านเคมีเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความปลอดภัยมากขึ้น