เบนซิลไดเมทิลโดเดซิลแอมโมเนียมคลอไรด์ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อและสารทำความสะอาดในอุตสาหกรรมต่างๆ รวมถึงในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดในบ้านเรือน เช่น น้ำยาล้างพื้น น้ำยาฆ่าเชื้อในห้องน้ำ และผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดผิวหนัง นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหารเพื่อฆ่าเชื้อบนพื้นผิวอุปกรณ์และเครื่องมือต่างๆ เพื่อป้องกันการปนเปื้อนของเชื้อโรค ในภาคการเกษตร ใช้เป็นสารป้องกันเชื้อราและแบคทีเรียในพืช และยังใช้ในอุตสาหกรรมสระว่ายน้ำเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของสาหร่ายและแบคทีเรีย