5-Chloro-3-iodo-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน ซึ่งอาจมีศักยภาพในการพัฒนายาใหม่ ๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในการพัฒนาสารยับยั้งเอนไซม์หรือสารที่สามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง เช่น ตัวรับบนเซลล์หรือโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ งานวิจัยหลายชิ้นยังมุ่งเน้นไปที่การประยุกต์ใช้ในด้านเคมี medicinal เพื่อค้นหาสารที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งหรือต้านจุลชีพอีกด้วย