3-Iodo-6-methoxy-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridine ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลทางเภสัชกรรม ซึ่งอาจมีศักยภาพในการพัฒนายาต้านมะเร็งหรือยาต้านไวรัส สารนี้ยังสามารถใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบอื่นๆ ที่มีโครงสร้างคล้ายกัน เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและการออกฤทธิ์ทางยา นอกจากนี้ยังอาจถูกนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น