สารนี้ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม ซึ่งมีบทบาทในการป้องกันหมู่อะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (Solid-phase peptide synthesis) โครงสร้างที่มีฟลูออเรนีน (Fmoc) ทำให้สามารถถอดหมู่ป้องกันได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน ๆ ซึ่งช่วยให้ควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ โดยเฉพาะในเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนหรือมีการดัดแปลงพิเศษ สารนี้จึงนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อพัฒนาโมเลกุลเป้าหมายทางการแพทย์ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์ หรือลิแกนด์สำหรับตัวรับเฉพาะ