ใช้เป็นตัวกลางที่ได้รับการป้องกันในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพอื่นๆ กลุ่ม trimethylsilyl-ethoxymethyl (SEM) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฮีเทอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจน ให้ความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ในขณะที่อนุญาตให้ถอดการป้องกันแบบเลือกเพศได้เมื่อจำเป็น ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน โดยเฉพาะในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาที่ซับซ้อน การประยุกต์ใช้เด่นชัดในการเตรียมโครงสร้างยึด pyrrolopyridine ซึ่งพบในตัวแทนบำบัดหลายชนิดที่มุ่งเป้าไปที่มะเร็ง การอักเสบ และความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง