3-(Methoxymethyl)pyrrolidine hydrochloride ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท เช่น ยากลุ่มต้านซึมเศร้าและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการบำบัดรักษา กลุ่ม methoxymethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของสารประกอบสุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในการค้นคว้าและพัฒนายา