เบนซิล 3,3-ไดฟลูออโรไพร์โรลิดีน-1-คาร์บอกซิเลต ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารชีวภาพที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวนไพร์โรลิดีนที่ถูกไดฟลูออไรด์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการออกแบบยารักษาโรคทางระบบประสาท เช่น โรคพาร์กินสันและโรคซึมเศร้า เนื่องจากช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมในร่างกาย นอกจากนี้ สารนี้ยังถูกใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโปรตีเอส ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาการติดเชื้อไวรัส เช่น เอชไอวีและตับอักเสบซี กลุ่มเอสเตอร์เบนซิลของมันยังช่วยให้การถอดสารป้องกันแบบเลือกสรรได้ในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในเคมีอินทรีย์