ใช้เป็นสารตัวกลางในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างแบบ chiral ที่มีส่วนฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ในยาที่เป็นผู้สมัครรับเลือก นิยมใช้ในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม โดยเฉพาะในการปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของสารประกอบที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับกัน