ใช้ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่มีโครงสร้างพิร์โรล ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในหลายสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และสารต้านอนุมูลอิสระ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ที่ต้องการคุณสมบัติในการละลายน้ำและเสถียรภาพของโมเลกุลที่ดีขึ้น เนื่องจากหมู่ไตรฟลูโอมีธิลช่วยเพิ่มความเป็นขั้วและลดการถูกทำลายโดยเอนไซม์ในร่างกาย