4,6-Dichloro-2-(methoxy-d3)-pyrimidine เป็นสารเคมีเฉพาะทางที่ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มีเดยเทอเรียม (deuterated drugs) การรวมเดยเทอเรียม (D3) ในกลุ่มเมทอกซี่ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบที่ได้ ซึ่งนำไปสู่คุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่ โดยเฉพาะในด้านมะเร็งวิทยาและการรักษาไวรัส นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมอนุพันธ์ไพรีมีดีนที่ซับซ้อน ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับการประยุกต์ใช้ทางการแพทย์