2-Chloro-5-(difluoromethoxy)pyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มไพริมิดีนและกลุ่มไดฟลูออโรมีทอกซี ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารออกฤทธิ์