2-Ethoxy-4,6-dichloropyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม ในด้านยา สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อโรคได้ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืช โดยเฉพาะสารฆ่าเชื้อราและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคพืชและป้องกันความเสียหายในผลผลิตทางการเกษตร