เอทิล 1,3-ไดเมทิลออโรเทต ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร มันมีบทบาทในการสังเคราะห์อนุพันธ์กรดออโรติก ซึ่งสำคัญต่อการเผาผลาญนิวคลีโอไทด์และการพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และเส้นทางเมแทบอลิซึม การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพทางรักษา โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายโรคเมแทบอลิซึม