1-(2-เมทอกซีไพริมิดิน-4-อิล)อีทานอน ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนายาเภสัชกรรมต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่มุ่งเป้าไปยังด้านการรักษา เช่น โรคมะเร็งและโรคติดเชื้อ โครงสร้างแกนไพริมิดินทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติกำจัดวัชพืชหรือกำจัดศัตรูพืช กลุ่มฟังก์ชันเมทอกซีและคาร์บอนิลในโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม ส่งผลให้สามารถสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลายที่มีคุณสมบัติเฉพาะเจาะจงสำหรับการใช้งานเฉพาะทาง