2-Methoxypyrimidine-5-carbonitrile ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์สำหรับยาที่กำหนดเป้าหมายโรคต่าง ๆ เช่น โรคมะเร็ง โรคติดเชื้อ และโรคทางระบบประสาท โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างอนุพันธ์ไพรีมีดีน ซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักในตัวยารักษาหลายชนิด นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง สนับสนุนการเสริมสร้างกลยุทธ์ป้องกันพืชผล เนื่องจากโครงสร้างที่เหมาะสมสำหรับการดัดแปลงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยา และการมีกลุ่ม functional group ที่ตอบสนองได้หลากหลาย ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่เป็นประโยชน์ในการสังเคราะห์สารเคมีซับซ้อนที่มีประสิทธิภาพสูง รวมถึงการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม