2,4-Dibromo-5-fluoropyrimidine ถูกนำมาใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง การมีอะตอมโบรมีนและฟลูออรีนทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติม สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสังเคราะห์สารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ความสามารถในการทำปฏิกิริยังมีคุณค่าในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคมีพิเศษ