5-Bromo-4-chloro-6-(trifluoromethyl)pyrimidine เป็นสารประกอบที่นำไปใช้หลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ เนื่องจากมีปฏิกิริยาที่หลากหลายในฐานะบล็อกก่อสร้าง ในด้านเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยหมู่ trifluoromethyl ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้ถูกนำไปใช้ในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างที่มีฮาโลเจนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาในการออกแบบโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสูงยิ่งขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์วัสดุอินทรียขั้นสูงที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์