ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม 2,4,5,6-Tetraaminopyrimidine hydrochloride ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่การติดเชื้อไวรัสและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนานิวคลีโอไซด์อะนาล็อก ซึ่งสำคัญสำหรับการบำบัดต้านไวรัสและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นบล็อกสร้างสำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ นักวิจัยยังใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ บทบาทของมันในพื้นที่เหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญในการพัฒนาวิทยาศาสตร์การแพทย์และเคมี