6-chloro-N'-methylpyrimidine-2,4-diamine เป็นสารเคมีที่ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมาลาเรียและยาต้านแบคทีเรีย โครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในเชื้อก่อโรค นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในเคมีเกษตรกรรม ซึ่งใช้ในการสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชที่ยับยั้งการเติบโตของสิ่งมีชีวิตอันตราย ความยืดหยุ่นในการสร้างอนุพันธ์ทำให้มีคุณค่าสำคัญในการวิจัยและพัฒนาเพื่อการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ใหม่