6-Ethyl-5-iodopyrimidine-2,4-diamine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมียารักษาและการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่เล็งเป้าไปยังโครงสร้างกรดนิวคลีอิก สารเคมีนี้มักถูกใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง ซึ่งโครงสร้างของมันมีบทบาทสำคัญในการยับยั้งเอนไซม์เฉพาะหรือรบกวนกระบวนการจำลอง DNA/RNA นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการออกแบบอนุโลมนิวคลีโอไซด์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างยารักษาการติดเชื้อไวรัส เช่น HIV และตับอักเสบ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อการสำรวจกลยุทธ์การรักษาใหม่ๆ