4-Chloro-2-methylpyrimidin-5-amine เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ในเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีผลทางบำบัดศักยภาพ ในเกษตรเคมี ใช้ในการผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช โดยมีส่วนในการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานซึ่งช่วยควบคุมศัตรูพืชและวัชพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาเคมีทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในงานวิจัยและพัฒนาสำหรับสร้างตัวแทนเคมีใหม่และมีประสิทธิภาพมากขึ้น นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษาโรค และในห้องปฏิบัติการเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อน