4,6-DIAMINO-2-METHYLMERCAPTOPYRIMIDINE นี้ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะ สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่สาขาเคมีเกษตร โดยมีส่วนในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับส่วนผสมที่ใช้งานได้