ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส ยาต้านการอักเสบ และยาต้านเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะสารที่มีโครงสร้างไพริมิดีน

นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากโครงสร้างที่หลากหลายและปฏิกิริยาที่ดี

ยังมีบทบาทในงานสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาและการทำงานของสารไพริมิดีนในระบบชีวภาพ