5-Amino-2-(methylthio)pyrimidine ถูกนำมาใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะสารที่มีศักยภาพในการรักษาโรค สารเคมีนี้มักถูกใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างแกนไพรีมีดีนซึ่งเป็นโครงสร้างทั่วไปในยาหลายชนิด นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เช่น สารกำจัดศัตรูพืช สารกำจัดวัชพืช และยาฆ่าเชื้อรา ซึ่งช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืช โรค และการติดเชื้อ ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาเคมีทำให้เป็นวัตถุดิบที่มีคุณค่าในการออกแบบและปรับปรุงโมเลกุลใหม่สำหรับวัตถุประสงค์ทางการแพทย์และการเกษตร