4-Amino-2-(methoxymethyl)pyrimidine ใช้หลักในสาขาเคมีเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โครงสร้างของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคติดเชื้อหรือมะเร็ง สารประกอบนี้มักถูกนำเข้าไปในออกแบบอนุภาคนิวคลีโอไซด์อะนาล็อก ซึ่งสำคัญในอุปสรรคการรักษาต้านไวรัสและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปสู่การประยุกต์ใช้ในการวิจัย ซึ่งใช้ในการศึกษากลไกทางชีวเคมีและพัฒนายาใหม่