2-Chloro-6-methyl-pyrimidine-4-carboxylic acid ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนประกอบของไพริมิดีน ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักที่พบในสารออกฤทธิ์หลายชนิด สารนี้ยังถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารเคมีที่ใช้ในเกษตรกรรม เช่น ยาฆ่าแมลงและยาปราบศัตรูพืช เนื่องจากคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์และศัตรูพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ