5-โบรโม-2-คลอโร-4-ไอโซโพร็อกซีไพรีมีดีน ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับตัวยารักษาโรคต่าง ๆ สารนี้มักใช้ในการสร้างอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยให้สามารถดัดแปลงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะเจาะจงของยาเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อสำรวจสารประกอบทางเคมีใหม่และปรับปรุงตัวยาที่มีศักยภาพ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังอุตสาหกรรมเกษตรเคมี โดยมีส่วนในการสังเคราะห์สารประกอบที่ใช้ในการปกป้องพืชและควบคุมศัตรูพืช