กรดโบรอนิก 4-คลอโร-2-(4-ฟลูออโรฟีนิล)ไพรีมีดีน-5 ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) กลุ่มโบรอนิกแอซิดในสารนี้ช่วยอำนวยความสะดวกในการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่หลากหลาย โครงสร้างแกนไพรีมีดีนของมันมักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งและโรคติดเชื้อ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ การมีทั้งสารย่อยคลอโรและฟลูออโรช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกในการสังเคราะห์ ทำให้เป็นสารกลางที่หลากหลายในเคมียารักษาและการค้นพบยา