4-Chloropyrimidine Hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่มะเร็ง การอักเสบ และโรคติดเชื้อ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเบสไพรีมีดีน ซึ่งจำเป็นในการออกแบบยาที่ยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่สำหรับการประยุกต์ใช้ทางรักษา ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเคมียารักษา บทบาทของมันในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็งเน้นย้ำถึงความสำคัญในการพัฒนาการแพทย์สมัยใหม่