S-Boc-2-mercapto-4,6-dimethylpyrimidine ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สารนี้มักนำมาใช้ในการสร้างอนุพันธ์ไพรีมีดีน ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการค้นพบยาเนื่องจากมีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น คุณสมบัติต้านไวรัส ต้านมะเร็ง และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ กลุ่มไทออลที่ได้รับการป้องกันด้วย Boc ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกสรรและปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในเคมียารักษา ยังใช้ในการสังเคราะห์เพปไทโดมิมิติกส์และสารประกอบที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพอื่นๆ สนับสนุนความก้าวหน้าในการวิจัยบำบัด