(6-Methylpyrimidin-4-yl)methanol ถูกใช้หลัก ๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาต่าง ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือวัชตัวใหม่ แกนไพรีมีดีนของสารนี้ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมียารักษาโรค ช่วยในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังโรคเช่นมะเร็งหรือโรคติดเชื้อ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งสามารถใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงหรือสารเคลือบที่มีคุณสมบัติพิเศษ