สารประกอบนี้มีการประยุกต์ใช้ในสาขาเคมีทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์ โครงสร้างของมันมักถูกใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ นักวิจัยใช้แกนไพรีมีดีนของมันในการออกแบบและผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น คุณสมบัติต้านไวรัส ต้านแบคทีเรีย หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งช่วยในการสำรวจยาใหม่ๆ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา