N,N-Di-(tert-butoxycarbonyl)-5-iodopyrimidin-2-amine ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนาอนุภาคนูคลีโอไซด์อนาล็อก (nucleoside analogs) ซึ่งมีความสำคัญในงานวิจัยยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง กลุ่มปกป้อง tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยเพิ่มความเสถียรในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ในขณะที่อะตอมไอโอดีนช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Sonogashira บทบาทในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนทำให้สารนี้จำเป็นสำหรับการพัฒนาเคมีทางการแพทย์และการค้นพบยาใหม่