2-Morpholin-4-yl-pyrimidine-5-carboxylic acid methyl ester เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในด้านการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังการยับยั้งเอนไซม์ โครงสร้างของมันมักถูกนำไปรวมในสารประกอบสำหรับการรักษา เช่น ยาต้านมะเร็งหรือตัวยับยั้ง kinase นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งมีคุณค่าในการค้นพบยาและเคมียา ความยืดหยุ่นและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีประโยชน์ในการออกแบบยาใหม่ที่มีประโยชน์ทางรักษา