6-Methoxy-2-methylpyrimidin-4-amine เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อการสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาทางวิทยาศาสตร์เพื่อทำความเข้าใจกลไกการทำงานของยาในระดับโมเลกุล นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ ความยืดหยุ่นในการเกิดปฏิกิริยาเคมียังทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีประโยชน์ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนมากขึ้น