6-bromo-2-chloropyrimidin-4-amine ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนหน้าที่เพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและการบำบัดไวรัส นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความสามารถในการทำปฏิกิริยาและความหลากหลายทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในสังเคราะห์อินทรีย์และเคมียารักษาโรค