5-Nitro-2,4,6-triaminopyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบอินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาบางชนิด โดยเฉพาะยาต้านเชื้อแบคทีเรีย โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักมีส่วนในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกในเคมีอินทรีย์ กลุ่มไนโตรและอะมิโนทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในกระบวนการสังเคราะห์ต่างๆ