5-Bromo-2-methoxy-4-(trifluoromethyl)pyrimidine ถูกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมีเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ในเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของสารประกอบที่ได้ ในเกษตรเคมี มันถูกใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อสำรวจสารเคมีใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาหรือการเกษตร