5-Fluoro-2-methoxypyrimidine ถูกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญต่างๆ (APIs) โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซี่ของสารนี้ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์ยาสุดท้าย ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวิจัยสำหรับการพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและไวรัสวิทยา เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง