5,6-Dihydroxypyrimidine-4-carboxylic acid ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตนิวคลีโอไซด์อนาล็อก ซึ่งมีความสำคัญในการยับยั้งการจำลองแบบของไวรัสและการกำหนดเป้าหมายเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และเส้นทางเมแทบอลิซึม เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับไพริมิดีนตามธรรมชาติ กลุ่มคาร์บอกซิลิกแอซิดของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมีอินทรีย์และการค้นพบยา