4-Cyano-6-methoxypyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคต่าง ๆ มันมีบทบาทในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากแกนไพรีมีดีนซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม รวมถึงสารเคมีเกษตรและสารเคมีพิเศษ ความตอบสนองทางเคมีและหมู่ฟังก์ชันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่มีคุณสมบัติทางรักษา