4-Chloro-6-morpholinopyrimidin-2-amine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อการพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพ มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง ต้านไวรัส และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในการออกแบบและพัฒนายาชนิดใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่การรักษาโรคทางระบบประสาทและโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันอีกด้วย