4-Chloro-2-isopropylpyrimidine นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ใช้ในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้าง pyrimidine ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญในหลายๆ ยา เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของสารออกฤทธิ์ ในด้านเคมีเกษตร สารนี้สามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารป้องกันพืชหรือสารกำจัดศัตรูพืชได้อีกด้วย