4-Chloro-2-(methoxymethyl)-6-methylpyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรมเป็นหลัก ในด้านเภสัชกรรม สารนี้มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับการรักษาโรคติดเชื้อหรือยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยา ในด้านเกษตรกรรม สารนี้ถูกนำมาใช้เป็นส่วนประกอบในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชหรือยาฆ่าเชื้อรา ช่วยป้องกันและควบคุมโรคพืชที่เกิดจากเชื้อราและแบคทีเรีย ซึ่งช่วยเพิ่มผลผลิตและคุณภาพของพืชผล นอกจากนี้ยังมีการศึกษาวิจัยเพื่อนำสารนี้ไปใช้ในกระบวนการอื่นๆ เช่น การพัฒนาวัสดุใหม่หรือสารเติมแต่งในอุตสาหกรรมเคมี